沃特世固相萃取柱選擇出適宜的吸附劑后，還需要根據檢定所需的樣品量選擇合適的柱規格，由于萃取柱的吸附劑能吸附的化合物質量是有限的，一旦超過了這個數值，目標物就不能被有效保留，使得洗脫效果大打折扣。因此，根據樣品中的組份量選擇合適的柱規格，是很有必要的。

   沃特世固相萃取柱的一般操作程序分為如下幾步。

    在萃取樣品之前要用適當的溶劑淋洗沃特世固相萃取柱，以使吸附劑保持濕潤，可以吸附目標化合物或干擾化合物。不同模式固相萃取小柱活化用溶劑不同。

    ①反相固相萃取所用的弱極性或非極性吸附劑，通常用水溶性有機溶劑，如甲醇淋洗，然后用水或緩沖溶液淋洗。也可以在淋洗之前先用強溶劑（如己烷）淋洗，以消除吸附劑上吸附的雜質及其對目標化合物的干擾。

    ②正相固相萃取所用的極性吸附劑，通常用目標化合物所在的有機溶劑（樣品基體）進行淋洗。

    ③離子交換固相萃取所用的吸附劑，在用于非極性有機溶劑中的樣品時，可用樣品溶劑來淋洗；在用于極性溶劑中的樣品時，可用水溶性有機溶劑淋洗后，再用適當pH值，并含有一定有機溶劑和鹽的水溶液進行淋洗。

    為了使沃特世固相萃取柱中的吸附劑在活化后到樣品加入前能保持濕潤，應在活化處理后在吸附劑上面保持大約1ml 活化處理用的溶劑。在樣品進入吸附劑，目標化合物被吸附后，可先用較弱的溶劑將弱保留干擾化合物洗掉，然后再用較強的溶劑將目標化合物洗脫下來，加以收集，淋洗和洗脫同前所述一樣，可采用抽真空，加或離心的方法使淋洗液或洗脫液流過吸附劑。

   如果在選擇吸附劑時，選擇對目標化合物吸附很弱或不吸附，而對干擾化合物有較強吸附的吸附劑時，也可讓目標化合物先淋洗下來加以收集，而使干擾化合物保留（吸附）在吸附劑上，兩者得到分離。